依據「國際合作發展基金會設置條例」第八條之規定，本基金會設董事會，置董事十一人至十五人，由行政院長就下列人員遴聘之， 並以其中一人為董事長。 一、外交部部長。二、經濟部部長。三、行政院不管部會政務委員一人。四、中央銀行總裁。五、行政院農業委員會主任委員。六、其他有關部會首長。七、專家學者及全國工商團體代表，不得少於三分之一。另依據「國際合作發展基金會設置條例」第十條之規定，本基金會置監事三人至五人，其中一人為常務監事，均由行政院長遴聘之。

本諮詢委員會之設立，係依據「國際合作發展基金會設置條例」第十二條： 本基金會得設諮詢委員會，對業務有關之重要事項提供諮詢；置諮詢委員七人至十一人，由董事長就政府有關機關人員、社會人士及學者專家，提請董事會通過後聘請之。