本會初始成立基金約新台幣116億元，係由「海外經濟合作發展基金管理委員會」裁撤決算後淨值捐贈(相關沿革請點擊「認識國合會—沿革」)。現有資金來源包括自有基金及孳息收入、政府或其他機構委辦經費。現有淨值為新台幣157億4,222萬元(2013年12月31日資料)。
